A principal cidade banhada pelo rio Itajaí Açu é Blumenau. Os rios que formam o Itajaí-Açu são o rio Itajaí do Oeste e o rio Itajaí do Sul. Estes dois encontram-se no município de Rio do Sul. Os principais afluentes do rio Itajaí-Açu são o rio Itajaí do Norte (ou rio Hercílio), que desemboca no rio Itajaí-Açu no município de Ibirama, o rio Benedito (que desemboca no rio Itajaí-Açu em Indaial) e o rio Itajaí-Mirim, que desemboca na cidade de Itajaí.
O Rio Itajaí Açu conta com rampa náutica e duas raias para a prática de remo.